Jonnie Boer werd geboren in Giethoorn. Zijn grootvader was beroepsvisser en bracht hem het vissen op paling, snoek en snoekbaars bij. Daarnaast behoren eieren zoeken en jagen tot zijn hobby's. Op vierentwintigjarige leeftijd werd hij chef-kok bij De Librije en enkele jaren later kochten Boer en vrouw Thérèse het restaurant, waarna in 1993 de eerste michelinster volgde. Op zijn 33e, in 1999, volgde de tweede ster en daarmee was hij de jongste tweesterrenkok in Nederland. In 2004 was De Librije, na Parkheuvel in Rotterdam, het tweede restaurant in Nederland dat een derde ster kreeg.
De kookkunst van Boer kan worden omschreven als puur en gedurfd. Niet alleen de smaak, maar ook de herkomst van zijn gerechten is bijzonder. Hierbij geldt de natuur als zijn inspiratiebron.
Sinds september 2006 verzorgt Boer de catering van het nieuwe theater "De Spiegel" in Zwolle. Het restaurant heet "Koperen Kees". In 2008 zullen Jonnie en Thérèse ook een eigen hotel openen.